明清时期，朝廷设置军事机构卫所，加强对少数民族地区控制。明太祖于洪武九年（1376年），在全国设置十三个承宣布政使司，主管全省民政和财政；另设置都指挥使司掌管军政，设置提刑按察使司掌管刑法。承宣布政使司之下设置府（州）、县二级地方政权。洪武二年（1369年），降慈利州为慈利县。明代《万历慈利县志》记载：“洪武二年己酉，改慈利州为慈利县，隶属湖广布政使司。”在明清时期，承袭土司制度，土司制度日臻完善，朝廷对土司的建置、裁撤、官职、衔号、选任、袭替、朝贡、赋税、义务、征调等作了规定，加强对少数民族地区控制。明代洪武二十三年（1390年），统治者在慈利县西北部设置九溪卫，隶属湖广都指挥使司节制，下辖麻寮所、添平所、安福所和桑植土司。明代洪武二十九年（1396年），慈利县由隶属常德府改隶于岳州府，隶属承宣布政使司。据清代《康熙永定卫志》记载：明代洪武三十一年（1398年），统治者把大庸卫更名为永定卫（永定卫城在今张家界市城区），领前所、后所、左所、右所、中所以及大庸所、茅冈土司，并有黑松、后坪、金藏、桑溪、龙虎、茅岗六隘。永定卫初隶湖广都指挥使司节制，后隶属岳州府。

清代设省，下设府、州、县。清朝初期，沿袭明制，对投诚的各地土司、卫所的首领准其子孙世袭职务。清代雍正年间，地方政府在少数民族地区实施“改土归流”政策，废除澧水流域设置的土司、卫所机构，改建为州、县，委派流官统治。清代雍正四年（1726年）桑植土司被迫“改土归流”。雍正七年（1729年），割慈利县十四都、十五都和九溪卫安福所旧壤以及桑植宣慰司，以地域广的桑植土司之名改置为桑植县，改安福所治瓦窑岗为桑植县治，隶属于永顺府。雍正八年（1730年），升澧州为直隶州，辖慈利县和石门县等县。废除永定卫和大庸所以及九溪卫和麻寮所、添平所。雍正十三年（1735年），上峒长官司向玉衡、下峒长官司向良佐请求献土归流，加上茅冈土司泥湖塔等地并入桑植县。拨慈利县十都、十一都、十二都、十三都的全部和八都、九都的部分地以及永定卫、大庸所、茅冈长官司原地域始设置永定县，隶属隶属湖南布政使司澧州直隶州管辖。 

 二

中华民国初期，湖南省政府设置三个道，慈利县隶属武陵道。在民国三年（1914年），因永定县与福建省永定县同名，奉北洋政府之令，湖南省永定县被改名为“大庸县”，属武陵道。民国五年（1916年），湖南省政府裁撤武陵道，慈利县、大庸县、桑植县均属辰沅道管辖。民国十一年（1922年），湖南省政府撤消“道”的建制，仅留省、县两级，慈利县、大庸县、桑植县均直隶省辖。民国二十三年十一月（1934年11月），任弼时、贺龙、关向应、萧克、王震等人带领红二、六军团指战员解放大庸县、桑植县，在大庸县城成立湘鄂川黔省革命委员会、大庸县革命委员会。民国二十四年（1935年），湖南省政府在沅陵县成立湘西绥靖处，下分五个行政督察区。其中，第二行政督察区专员公署设在慈利县，管辖慈利、大庸、石门3个县，第三行政督察区专员公署管辖桑植等县。民国二十七年（1938年），湖南省政府决定撤销湘西绥靖处，改设沅陵行署，下辖